辅助功能M代码以地址M为首后跟两位数字组成，共100种（M00~M99）。它是控制机床辅助动作的指令，如主轴正转、反转及停止，冷却液的开、关，工作台的夹紧与松开，换刀，计划停止，程序结束等。
由于辅助功能指令与插补运算无直接关系，所以可写在程序段的后面。
在加工程序中正确使用M代码是非常重要的，否则数控机床不能进行加工。编程时必须了解清楚所使用数控系统的M代码和应用特点，才能正确使用。
下面介绍一些常用的M代码。
1．M00——程序停止。在M00所在程序段其它指令执行后，用于停止主轴转动，关闭冷却液，停止进给，进入程序暂停状态，以便执行诸如手动变速、换刀、测量工件等操作，如果要继续执行，须重按“启动键”。
2．M01——任选（计划）停止。M01指令与M00相似，差别在于M01指令执行时，操作者要预先接通控制面板上“任选停止”按钮，否则M01功能不起作用。该指令常用于一些关键尺寸的抽样检测以及交接班临时停止等情况。
图1所示是M01指令应用的例子。车削该轴时，为了知道尺寸d2是否合格，需要对第一个零件进行测量，即程序执行到8位置时，刀具需退出，让工人测量d2尺寸，等d2尺寸合格后再进行下去。这时可应用M01指令，程序过程如下：
1→2→3→4→5→6→7→8→9→10→2→M01
当第一个零件合格后，作为第一个零件测量用的程序段8→9、9→10、10→2从第二个零件起程序中就不需要了。为此只需要在上述三个程序段前以及M01前均加上跳步字符“/”（ISO标准编码）即可。面板上还有一个“跳步”开关。在车削第一个零件时，“跳步”开关断开，“任选停止”开关接通，“/”对程序不起作用，而M01起作用，故可实现测量d2的要求。当加工第二个零件时，两开关位置与上述相反，程序执行过程如下：
1→2→3→4→5→6→7→8→11→12→13→1→M30
图1 “任选停止”指令的应用
3．M02——程序结束。该指令编在最后一个程序段中。当全部程序执行完后，用此指令使主轴、进给、冷却液均停止，并使数控系统处于复位状态。
4．M03、M04、M05——主轴正转、反转和停止指令。
5．M06——换刀指令 常用于加工中心机床刀库换刀前的准备动作。
6．M07、M08、M09——分别为雾状冷却液、液状冷却液开及冷却液停的指令。
7．M30——程序结束 它与M02功能虽相似，但M30可使程序返回到开始状态。