膜元件的故障一般有：曝气异常、膜间压差上升以及透过水流量减少、透过水质恶化。以下所示为针对各种情况而产生的问题、原因和处理方法。
| 问题 | 原因 | 处理方法 |
| 鼓风机故障 | 检查鼓风机 | |
| 曝气管堵塞 | 清洗曝气管 | |
| 该膜组件的曝气管堵塞 | 清洗该膜组件的曝气管 | |
| 膜块安装不水平 | 调整膜块的安装水平 | |
| 有膜堵塞 | 进行药洗 | |
| 仪表显示不准确 | 对仪表进行校正 | |
| 曝气异常导致对膜面没有良好地冲洗 | 改善曝气状态 | |
| 污泥形状异常导致污泥过滤性能恶化 | 改善污泥性状 调整污泥排放量 阻止异常成分的流入（油分等） BOD负荷的调整 原水的调整 （添加氮、磷等） | |
| 膜元件或软管损坏 | 封住该膜元件或集水管的导流管 | |
| 透过水的配管管线泄漏 | 调查、修复不良部分 | |
| 透过侧生长有细菌 | 对透过水管路进行有效氯浓度为100～200mg/L的次氯酸钠的注入清洗 | |
| 在线测试仪表内部进入污物 | 对在线测试仪表进行清洗 |
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