加工中心坐标系统包括机床坐标系和工件坐标系，不同的加工中心其坐标系统略有不同。如前所述，机床坐标系各坐标轴的关系符合右手笛卡儿坐标系准则。
机床坐标系是用来确定工件坐标系的基本坐标系；是机床本身所固有的坐标系；是机床生产厂家设计时自定的，其位置由机械挡块决定，不能随意改变。该坐标系的位置必须在开机后，通过手动回参考点的操作建立。机床在手动返回参考点时，返回参考点的操作是按各轴分别进行的，各轴沿正向返回极限位置。当某一坐标轴返回参考点后，该轴的参考点指示灯亮，同时该轴的坐标值也被清零。
机床坐标系原点也称机械原点、参考点或零点。通常所说的回零、回参考点，就是直线坐标或旋转坐标回到机床坐标系原点。那么机床坐标系原点究竟在什么位置呢?机床坐标系原点是三维面的交点。不像各坐标系回零一样可以直接感觉和测量，只有通过坐标轴的零点作相应的切面，这些切面的交点即为机床坐标系的原点。